El Museo de las Cenizas se encuentra en una sala diseñada por el Ingeniero Eça Guimarães, anexa a la Iglesia del antiguo Convento de Nossa Senhora da Encarnação, hoy más conocida como Iglesia de São Francisco.
La exposición se articula en torno a una pieza central -La estigmatización de San Francisco-, alrededor de la cual giran todas las demás imágenes que encarnan la devoción religiosa. La galería superior alberga el vestuario y los utensilios litúrgicos y toda la documentación.