O Museu das Cinzas encontra-se instalado numa sala projetada pelo Eng.º Eça Guimarães, anexa à Igreja do antigo Convento de N.ª Sr.ª da Encarnação, hoje mais conhecida como Igreja de S. Francisco.
A exposição organiza-se a partir de uma peça central – A Estigmatização de S. Francisco – em volta da qual se encontram todas as outras imagens que incorporam o préstimo religioso. Na galeria superior, encontram-se as alfaias litúrgicas, bem como toda a documentação.