Ubicado en la Rua de D. Hugo, en el casco histórico de Porto, cerca de la Catedral y del Sitio Arqueológico, este edificio es un ejemplo de arquitectura civil del siglo XIX encargado por Domingos Barbosa, Canónigo de la Catedral de Porto.
La casa fue comprada en 1934 por la hija del poeta Guerra Junqueiro y donada por ella al Ayuntamiento de Porto en 1940, junto con el patrimonio artístico del poeta. Inaugurado en 1942, fue reformado por el arquitecto Alcino Soutinho y, en 2017, el Museo fue objeto de intervenciones del arquitecto Camilo Rebelo, incluido en una serie de obras de modernización y valorización de los museos municipales.